Siliziumdioxid tritt in der Natur sowohl in kristallinen als auch in amorphen Strukturen auf. Bei der amorphen Form sind die Atome ungeordnet und folgen keinem regelmäßigen Muster.
Die häufigste kristalline Variante ist Quarz, der aufgrund seiner zahlreichen Farbvariationen gern als Schmuckstein genutzt wird. Bekannte Varianten sind der klare Bergkristall, der violette Amethyst, der gelbe Citrin und der rosafarbene Rosenquarz.
Die Farbnuancen entstehen durch minimale Mengen an Metallatomen, die in das Silizium-Sauerstoff-Gitter integriert sind.
In amorpher Struktur findet man Siliziumdioxid etwa in Edelsteinen wie Opal, Jaspis und Feuerstein, die ebenfalls in der Schmuckherstellung begehrt sind.